Tras haber ganado la Liga Pokémon, aparecerás en tu casa de Pueblo Primavera, como al principio del juego. Baja las escaleras, y tu madre te dirá que el Profesor Elm quiere verte. Ve a su laboratorio, y te entregará un Ticket Barco para el S.S Aqua, que sale de Ciudad Olivo, a la que te tendrás que dirigir ahora.

En Ciudad Olivo zarpará el Ferry, y también te encontrarás con el Profesor Oak, que te mejorará tu Pokédex con la función de Pokédex Nacional. Tras eso, habla con el marinero que vigila la entrada y podrás entrar al Ferry S.S Aqua. Cuando entres, verás a un señor correteando por el pasillo, y te dirá que una niña se ha perdido.

Ahora, puedes ir por los camarotes a combatir a los entrenadores que hay en ellos, pues en casi todos los camarotes te encontrarás un combate. Cuando termines, ve al piso de abajo y te encontrarás con un marinero bloqueando el paso. Habla con él, y te dirá que no te dejará pasar si su compañero no vuelve. Vuelve a los camarotes, y busca el de la tercera imagen. Habla con el marinero que está descansando, que también te retará a un combate, y luego se marchará. Ahora, el marinero de antes ya no te bloqueará el paso.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon
Pokéfan	Delibird Nv.40
Gemelas	Phanpy Nv.39	Teddiursa Nv.39
Comefuegos	Koffing Nv.36	Flareon Nv.39	Koffing Nv.36
Marinero	Makuhita Nv.40	Raticate Nv.40
Malabarista	Mr. Mime Nv.37	Magmar Nv.37	Machoke Nv.37

Sigue hasta la oficina del Capitán, donde encontrarás a la niña que buscaba antes el hombre. Ésta se marchará, pero ve hacia la izquierda y la encontrarás. Habla con ella, y volveréis al camarote del señor. Ahora, oirás que el Ferry ha llegado ha Ciudad Carmín.

Entrenador	1º Pokémon	2º Pokémon	3º Pokémon
Marinero	Machop Nv.39	Machoke Nv.41	Psyduck Nv.34

Ya ha terminado tu viaje por Johto. Ahora, bájate del Ferry, sal del Puerto y estarás en Ciudad Carmín. El Ferry también estará disponible más veces. Para seguir con la guía, ahora debes utilizar las secciones de "Kanto". ¡Bienvenido a la Región!