Entre Pokémon Heart Gold y Pokémon Soul Silver hay algunas diferencias, y entre ellas están los Pokémon exclusivos de cada versión que son aquellos que aparecen de forma exclusiva en ese juego, es decir, que no aparecen en el otro. A la hora de elegir uno de los dos juegos, muchos se decantan por uno u otro dependiendo de este factor. Si deseas obtener a un Pokémon exclusivo de la versión que no posees, deberá ser mediante intercambio.
Exclusivos de Pokémon Heart Gold
|

#56 Mankey
|

#57 Primeape
|

#58 Growlithe
|

#59 Arcanine
|

#167 Spinarak
|

#168 Ariados
|

#207 Gligar
|

#226 Mantine
|

#231 Phanpy
|

#232 Donphan
|

#302 Sableye
|

#343 Baltoy
|

#344 Claydol
|

#380 Latias
|

#382 Kyogre
|

#458 Mantyke
|

#472 Gliscor
|
-
|
-
|
-
|
Exclusivos de Pokémon Soul Silver
|

#37 Vulpix
|

#38 Ninetales
|

#52 Meowth
|

#53 Persian
|

#165 Ledyba
|

#166 Ledian
|

#216 Teddiursa
|

#217 Ursaring
|

#225 Delibird
|

#227 Skarmory
|

#303 Mawile
|

#316 Gulpin
|

#317 Swalot
|

#381 Latios
|

#383 Groudon
|
-
|