¡Una banda de ladrones ha robado muchos Pokémon y los han encerrado en almacenes!. Tu misión es... rescatarlos, utilizando la ayuda del profesor y tu potente satélite.


Pokémon Link es uno de los juegos de la saga de Nintendo DS, el cual no sigue la misma dinámica que los juegos anteriores, ya que en esta ocasión debemos completar puzzles con las caras de los Pokémon para salvar a los Pokémon raptados.


La partida de puzzle comienza cuando caen las fichas de la pantalla superior a la inferior (la táctil). Cuando eso ocurra y la partida comience, debes unir cuatro Pokémon iguales para entrar en la llamada "Fase Link" en la que primero debes unir otras tres caras iguales, y luego entrarás en el siguiente modo en el que sólo tienes que unir dos caras iguales, hasta que acabes con todas las caras, o hasta que no puedas unir mas, por lo que se acabará la fase link, y deberás volver a juntar cuatro caras iguales. Aparte de todo eso, también contaremos con alguna que otra ayuda, como un Pokémon Comodín que se puede unir con todos los Pokémon, no puede ser otro que Ditto.


Cuando hayas rescatado a varios Pokémon irás acumulando energia, y cuando la tengas al máximo los transportarás a un lugar donde permanecerán sanos y salvos.
Pero no todo serán ayudas, también habrá jefes finales que supondrán un obstaculo en el camino, ya que nos tirarán piedras que al contacto con un Pokémon, vuelve a todos oscuros, haciendo casi imposible su identificación. Para quitar la piedra de oscuridad debes unirla a un Ditto.


Si nos cansamos de resolver puzzles podemos ver cuantos Pokémon hemos salvado, como no, en la clásica Pokédex, la que también tendremos que completar haciendo puzzles. El juego incluye otro modo, el modo multijugador en el que podremos jugar con un amigo, ya sea en un modo cooperativo, en el que resolveremos un puzzle con su ayuda, o en el modo que nos enfrentará a el, y debemos resolver el puzzle antes para poder ganar.